С момента создания организации президентом Фонда является Александр Николаевич Пастухов, 6 дан Айкикай айкидо, ученик Фудзиты Масатакэ Сенсея (8 дан Айкикай, Токио, Япония) с 1994 года и руководитель клуба айкидо «Масатакэ додзё». В первые годы к работе организации присоединились его коллеги, руководители клубов Санкт-Петербурга и организаций из других городов.
После тяжёлого заболевания Фудзиты Сенсея в 2008 году фонд сохранил основной инструкторский состав и пригласил для проведения семинара Сугано Сэйичи Сенсея (8 дан Айкикай, Нью-Йорк, США). К сожалению, Сугано Сенсей сумел приехать к нам только один раз, но успел рекомендовать для продолжения нашего обучения своего ученика, Луи Ван Тигема Сенсея (7 дан Айкикай, Брюссель, Бельгия), руководителя организации Фонда Сугано в Европе.
В 2012 году с его поддержкой Фонд Ямато получил Официальное признание Всемирного центра айкидо Хомбу додзё, а Луи Ван Тигем Сенсей стал куратором нашей организации от имени Фонда Айкикай.
Решения о работе организации принимаются Президиумом Фонда в составе:
Президент
Александр Николаевич Пастухов, 6 дан Айкикай, руководитель клуба «Масатакэ додзё»;
Вице-президенты:
Георгий Германович Запрягаев, 5 дан Айкикай,
руководитель клуба «Сибуми додзё»;
Дмитрий Александрович Зайцев, 5 дан Айкикай,
руководитель клуба «Агацу додзё».
Все трое образуют состав утверждённой Фондом Айкикай экзаменационной комиссии, имеющей право самостоятельно принимать экзамены на степени кю и дан (чёрные пояса), до 4 дана Айкикай айкидо включительно, рекомендовать к экзаменам на более высокие степени.